Patronsuz Medya

Lego seti gibi bir dünya

Alper Uzun - 9 Eylül 2008  

Küçük bir çocukken halının üzerine oturup hayal dünyamın o an nereye yolculuğu başlayacaksa artık ona göre ellerimde tuttuğum küçük parçaları birleştirir, ekler, sonra bozardım.

Bu yap boz işleri ta ki hayalimde kurduğum figüre yaklaşana, beni "hah oldu işte" dedirtene kadar devam ederdi.

Türlü türlü şekil verdiğim şey LEGO setinin küçüklü büyüklü parçalarından oluşmuş itfaiye setiydi. Fakat o set neredeyse itfaiye haricinde her şey oluyordu benim için. O renkli renkli bloklar kimi zaman bir uzay gemisi, kimi zaman bir lokantanın yemekleriydi. Tabii ben de lokantanın ahçısı. Kısacası artık kafamdaki oyunumun senaryosu ne ise parçaların işlevleri de ona göre değişiyordu.

Dolayısı ile canım hiç sıkılmazdı. Hayaller sınırsızdı ve elimdeki set ile yapabileceklerim de galiba neredeyse bir o kadar uçsuz bucaksızdı.

O zamanlar elbette tahmin edemezdim ama ileride yapacağım iş o LEGO seti oyunlarıma az çok benzeyecekmiş meğerse. Yok yok LEGO firmasına oyuncak deneyicisi olarak girmedim. Ama genlerle ve özellikle de proteinler ile uğraşmak yine de pek bir yakın sayılır o günlerin uğraşısına diye düşünüyorum.

Yaşayabilmemiz için vücudumuzda o kadar çok iş dönmekte ki sanki ayrı bir evren var içimizde. Yüzbinlerce protein var ve hepsinin bir takım özellikleri sayesinde hayat kuruluyor, devam ediyor. Yüzbinlerce sayıda farklı proteinin yapısını amino asit adı verilen ve sadece 20 adet olan bu yapı taşları oluşturuyor. Bir zincirin halkası gibi değişik düzenlerde yan yana gelmeleri farklı farklı proteinleri teşkil etmesine sebep olsa da asıl önemli nokta üç boyutlu yapılarında.

Değişik şekillerdeler. Kimileri gidip DNA'ya bağlanıyor ve adeta bir tamirci gibi DNA'nın hasar gören yerini tamir ediyor. Diğer biri bu tamirciye tamir edeceği yeri gösteriyor.

Tüm bunlar için ise yapılarının şekli çok önemli. Öyle bir halde olmalı ki bu tamircilik görevini üstlenmiş protein. DNA'nın o helezonik yapısına rağmen ona bağlanmalı ve yine bir takım köşeleri, kenarları öyle olmalı ki ona tamir edilecek yeri gösterecek diğer proteini de tanımalı ve ona bağlanmalı. Girintiler, çıkıntılar her şey ama her şey anlamlı olmalı.

Ufak tefek değişiklikler ve meselâ "tamam abicim yaa, onu da kabul ederiz tamam, bağlan sen böyle DNA'ya" gibi esnekliklere (!) yer yok bu evrende.

Her şey olması gerektiği gibi olmalı.

Bir hocam "canlı bir hücredeki düzeni ekonomiye uygulayabilseydik her şey belki de ne kadar kolay olurdu" demişti.

Haklıydı. Hiç bir şey boşuna üretilmiyordu. Yok da edilmiyordu. Bir şeyler hep ama hep kontrol ediliyordu, mükemmel bir mekanizma vardı. Sistemdeki her unsur bir şekilde bu denetime katıldığından, sistem devam edebiliyordu. İşler çığrından çıkmamalıydı. Çıkarsa zaten her şey bitiyordu.

Proteinlerin üç boyutlu yapısına baktığınızda tıpkı o LEGO setleri gibi birbiri içine geçmiş ve yapacağı işe göre özelleşmiş parçalar var. Yakın bir gelecekte istenilen bir takım proteinler böyle LEGO setlerinin parçacıkları gibi takıp çıkarılacak. Ona göre ilâçlar yapılacak. Bireye özel ilâç geliştirilmesinde belki de en heyecan verici adımlar böyle atılacak.

Bir zincirin halkası gibi yan yana dizilmiş olan bu amino asitler yani hiç komşu olamayacak üyeler bu zincirin katlanarak, üst üste, alt alta gelerek değişik şekiller oluşturmasıyla bir anda en çok etkileşime geçen unsurlara dönüşüyorlar.

Nasıl olur derseniz? Çok basit bir örnek verilebilir. Hani tıpkı bir ipi aldığınızda ucunu sonuna gelecek şekilde üzerine katlayın. Ve bir anda ortada bulunanlar uzak olmalarına rağmen komşu olacaklar. Sonra daha da katlayın hatta ipi yuvarlayın elinizde top gibi yapın. Nice komşuluklar meydana getirmiş olursunuz.

Proteinin o üç boyutlu yapısını nasıl kazandığına dair çalışmalar devam ediyor ve uzunca bir süre de bilim adamlarını meşgul edecek.

Hastalıkların mekanizmasının anlaşılmasında yine bu 3 boyutluluğun çok önemi var. Değişik şekiller başka başka şekiller ile nasıl birleşiyor? Nasıl tanıyorlar ve ne zaman bağlanacaklarını nasıl biliyorlar? Bu arada "bağlanma/birleşme" derken tıpkı uzay mekiğinin uzay istasyonuna kenetlenip ayrılması gibi bir durumu anlatmaya çalışıyorum.

Bir takım proteinler var, bakıyorsunuz başka bir molekülün onunla kısa bir etkileşime geçmesi ile yapısını öyle bir değiştiriyor ki, uygun hale geldiği için gidip öncesinde bağlanması mümkün olmayan proteine bağlanıp gerekli reaksiyonu başlatıyor ya da bitiriyorlar.

Bugünün teknolojisi ile en hızlı bilgisayarı alın ve proteinlerin üç boyutlu yapılarını kazanmaları sırasında meydana gelen katlanma ve kıvrımlanmalarının sadece 50 milisaniyelik kısmını hesaplamaya çalışın. Gereken süre 30.000 (otuz bin) yıl.

"İçimizdeki teknoloji bizden ne kadar da ilerideymiş yahu" diye düşünmeden edemiyor insan. İnanılmaz hızlı ve şok edici bir evrenden bahsediyoruz.

Günlük koşuşturmacalarımız içinde mutlulukları, hüzünleri, olmadık heyecanları yaşıyoruz. Kuralları ihlâl ediyoruz, pek dürüst davranmıyoruz, birtakım işleri kılıfına uyduruyoruz. Biz böylesine "miş gibi yapılan" hayatları yaşıyorken, içimizdeki dünya ise her şeyi milimetrik (nanometrik mi demeliydim yoksa) uyguluyor.

Bölünüyor, katlanıyor, parçalanıyor. Zaten doğal uygulamanın dışına çıktığında da hayat bitiyor ve biz de bitiyoruz.

Yorumlar

Alper Uzun arkadaşımızı kutluyorum. Çok ilginç bir yazı. İlk kez okuyorum Derkenar'ı sanırım. Devamı gelecektir umarım. Önceki yazıları da okuyacağım. Aslında dediğiniz gibi doğada ve organizmalarda mükemmel bir işleyiş söz konusu. İnsanoğlunun bu anlamda aklını kullanmaya başlaması da sanırım 10-15 bin yıllık bi süreç ve o skalada tüm ciddi bilimsel gelişmeler son 200 yılda oldu diyebilirsek eğer, örneğin gelecek 20 yıl kim bilir neleri müjdeliyor. Öte yandan evrenin bu mükemmelliği karşısında doymak bilmeyen egolar ve insan hırsları ne denli anlamsız ve boş geliyor bazen. Öte yandan da sanırım özellikle bilimsel buluşlar için hem hırs hem de kuvvetli bir ego gerekiyor. Sağlıcakla kalın.

Ezgi Umut - 22 Eylül 2008 (08:35)

Paylaşımlarınız için çok teşekkürler. Tüm yazılarınızı ilgiyle okuyorum. Daha önce bu yazıyı okuduğumda "bir şey çağrıştırıyor ama ne demiştim" ama bulamamıştım. Az önce tekrar gözden geçirirken buldum. What The Bleep To Know (ne biliyoruz ki) adıyla gösterilen filmdeki nöronların bağlanma benzerliği. Uzmanlık alanım değil ama bir benzerlik olduğunu seziyorum kuvvetle. Bu konuda bir yorumunuz olursa okumak isterim.

Kabaca ifade edebilirsem, filmde bir bölümde; düşünce modelinizle aksonların koordinatlarını değiştirebileceğinizden sözediliyordu. Bir başka kaynakta da -sanırım Rus bilimadamlarının araştırması idi- sözle, komutla dahi DNA'larımızı değiştirebileceğimizden bahsediliyordu. Burada proteinlerin bağlanma biçimine müdahale mümkün değil belki. Ya da aynı şeyden mi söz ediliyor aslında?

Neriman - 22 Ekim 2008 (13:54)

Öncelikle ilgi ve desteğiniz için çok teşekkürler. Sorunuza yorumum ise şöyle olacak;

Düşünce modeliyle akson koordinatlarını değiştirmek ya da sözle/komutla DNA'larımızı değiştirebilmek fantastik ve bilim kurgu olabilse de gerçekte yaşanılana oldukça uzak şeyler diyeceğim.

O yüzden bu tür durumların ifade edildiği fikirleri ve yazıları okuduğumuzda temkinli olmak gerekiyor ve hatta mümkünse bunun bire bir somut delillerini görmeyi istemek hakkımız olmalı diye düşünüyorum.

Alper - 23 Ekim 2008 (01:44)

diYorum

 

Alper Uzun neler yazdı?

556
Derkenar'da     Google'da   ARA